Le 26 juin 1988, un Airbus A320 d’Air France, avec 75 passagers, qui effectue une démonstration sur un petit aéroport à Habsheim en Alsace, s’écrase sur une forêt en bout de piste, faisant trois morts. L’Airbus A320 était le premier avion doté de commandes électriques et conçu pour être piloté à deux. Ces nouveautés techniques soulevaient l’hostilité des pilotes qui considéraient avoir perdu la maîtrise de l’avion et faisaient des grèves contre le pilotage à deux. Au terme de l’étude des boîtes noires les conclusions du BEA (Bureau d’enquête accidents, devenu Bureau d’enquête et d’analyses) ont mis l’avion hors de cause. C’était une erreur du pilote qui, n’ayant pas repéré avant le vol une forêt de 11 mètres de haut à la sortie de la piste, était descendu à 10 mètres du sol et malgré une remise des gaz n’avait pas pu éviter le crash. Mais les premières analyses avaient fuité et comme toujours à cette étape-là, faute de calage et de réglage de tous les instruments, les résultats étaient incohérents.
Le ministre des transports arrivé aussitôt sur place avait déclaré avant même l’enquête du BEA que l’accident était dû à une faute de pilotage. Les boîtes noires avaient été confiées par le Procureur de la République au directeur général de l’Aviation civile, qui les avait remises au BEA après les avoir transportées dans l’avion de la DGAC (Direction générale de l’aviation civile). Les conditions étaient réunies pour que naisse une polémique : un pilote, soutenu par le juge d’instruction accusa le BEA de les avoir trafiquées pour accuser l’équipage afin de sauver l’avion et le « trust militaro-industriel franco-germanique ». Le BEA soutenu par la DGAC fut obligé de faire un procès en diffamation gagné devant le tribunal, la cour et la Cour de cassation. Répétant en public les accusations proférées devant le tribunal, l’avocat du pilote fut également condamné pour diffamation.
La DGAC n’a jamais été mise en cause judiciairement dans cet accident. En revanche, le pilote a été condamné à de la prison ferme par la cour de Colmar. Et des organisateurs de cette manifestation l’ont été pour l’organisation d’un meeting aérien au mépris de toutes les règles de sécurité. Le pilote continua jusqu’au bout, avec le soutien des victimes, à accuser l’avion. C’est une affaire historique sur le plan technique, passionnel et juridique. Non seulement pour la première fois un Airbus s’est crashé au moment de sa mise en service, mais pour la première fois aussi le BEA est apparu dans les médias et sur la scène judiciaire. Et enfin parce que l’administration, le BEA et la défense ont été amenés à faire un procès en diffamation contre le pilote.
Cette affaire a été le point de départ de relations souvent conflictuelles entre l’autorité administrative, le BEA et l’autorité judiciaire qui dès lors a souvent considéré le BEA comme une autorité concurrente et manquant d’indépendance. Il a fait l’objet de critiques de l’autorité judiciaire et des pilotes dans toutes les affaires, y compris celle du Concorde. Jusqu’à ce qu’à chaque fois l’inanité des expertises judiciaires apparaisse lors de l’audience publique, démontrant le non-sens de cette rivalité.
Le BEA est avec l’AAIB britannique, le BPU allemand, le MAK russe et le NTSB américain, un des organismes d’enquête des accidents aériens les plus respectés et sollicités dès qu’un accident survient dans le monde.
Pendant plus de 35 ans, les poursuites judiciaires, devenues systématiques après chaque accident contre les agents de la DGAC défendus par le cabinet, ont quasiment toujours abouti à des non-lieux ou des relaxes.